微信指数算法

亦凉 2023-09-25 08:52 41阅读 0赞

### 想入生物信息学这个行业，python学习要达到什么程度 ###

我以自己的3年的自学经历，给跟着我学习生物信息的小伙伴亲自出了13到题目，并邀请前辈录制了视频，分别是：

生信编程贴

01.生信编程很简单|02.人类基因组的外显子区域到底有多长

03.探索人类基因组序列|04.探索人类基因组注释文件

05.多个同样的行列式文件合并|06.根据GTF画基因的多个转录本结构

07.下载最新版的KEGG信息并且解析|08.写超几何分布检验！

09.根据指定染色体及坐标得到参考碱基|10.根据指定染色体及坐标得到位置信息

11.把文件内容按照染色体分开写出|12.json格式数据的格式化

生物信息Python从入门到精通

我觉得你能把这些题目独立完成，就说明在生物信息领域，你的编程能力大致是足够来工作了。

当然，去做科研算法还是不够的。

![微信指数算法\_生信做算法][u_3215636031_2457121818_fm_26_fmt_auto]

### 想入生物信息学这个行业，python学习要达到什么程度 ###

我以自己的3年的自学经历，给跟着我学习生物信息的小伙伴亲自出了13到题目，并邀请前辈录制了视频，分别是：

生信编程贴

01.生信编程很简单|02.人类基因组的外显子区域到底有多长

03.探索人类基因组序列|04.探索人类基因组注释文件

05.多个同样的行列式文件合并|06.根据GTF画基因的多个转录本结构

07.下载最新版的KEGG信息并且解析|08.写超几何分布检验！

09.根据指定染色体及坐标得到参考碱基|10.根据指定染色体及坐标得到位置信息

11.把文件内容按照染色体分开写出|12.json格式数据的格式化

生物信息Python从入门到精通

我觉得你能把这些题目独立完成，就说明在生物信息领域，你的编程能力大致是足够来工作了。

当然，去做科研算法还是不够的。

### 生物学背景自学生物信息学，想做这方面的研究，从哪里 ###

是问从哪里开始吗？我本科生物，研究生期间生物信息。基础自学。导师生信背景，有计算机学位。

首先一定要确定你真的喜欢计算机吗？天天写代码，跑程序，这样的日子感觉坐不住的话还是算了，更别提前期学习真的是写代码>回车>error>debug>回车>error>debug......这样的循环往复。(不过error遇得多了当可以成功执行的时候成就感还是挺突破天际的。)

基础知识包括linux基本操作，python或perl随便一门编程语言，R语言常用，要学。熟悉各大生物数据库(主要查询和下载数据)，熟悉生信常用到的格式，常用软件的使用。

还有一些约定俗成的规则你学习的时候会感受到，比如软件的使用，你不可能保证把所有的软件学一遍，总会遇到新的需要尝试。一般下载软件编译之后先-h(help)或是找文件夹中的readme文件，就大概知道怎么做了。包括linux的命令，不可能全部了解，需要用的时候help一下，有什么参数是你需要的立刻就知道。个人认为主要学的就是一个套路，有了这些套路就可以以不变应万变。

1. linux

基础操作要熟悉，安装软件，基本文件操作，如果出现error要能解决。推荐《鸟哥的Linux私房菜》。

2. python or perl

编程语言主要是用来批处理各种文本和写算法(如果需要的话)。和linux一样，属于基础中的基础，相当于语言对于人类活动的作用。这个要求会一个就好，常用的就是python或perl，选一个感兴趣的学。

3. R语言

R语言算是统计工具，虽然也是一门语言，但和python，perl的区别是当遇到需要做统计的时候，写R会简单很多，而且R的作图功能强大，非常常用。

4. 数据库，例如ucsc，tcga这些。没什么说的。

5. 了解生信常用到的文本格式。比如fasta，vcf，maf等。其实都是文本，只是需要知道每种文本中的信息都是什么。

Above all，实践是学习最快的途径。用的多了就熟练了。

差不多就这些。最后说一些注意。如果研究生期间也想往生信方向转，选导师一定要选择有计算机背景的，这样才好指导你。我。。知。。道

加。。我。。私。。聊

![微信指数算法\_生信做算法\_02][02]

### 如何通过生物信息学的方法或者软件预测某个基因到底有 ###

ESTs序列和基因芯片技术，运用生物信息学方法搜寻，运用蛋白质组学、功能基因一旦发现有助于提高农作物产量的基因，可应用先进的生物技术，将其介导进农两个差别很大的领域

生物信息学很大部分是做计算的 (dry lab)

基因工程很大部分是做实验的 (wet lab)

[u_3215636031_2457121818_fm_26_fmt_auto]: https://img0.baidu.com/it/u=3215636031,2457121818&fm=26&fmt=auto
[02]: https://img2.baidu.com/it/u=3855442388,2309322380&fm=15&fmt=auto

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