【计算机视觉】openslide无root权限安装，或者Linux软件无root权限安装该怎么解决？

小鱼儿 2024-05-05 22:24 76阅读 0赞

在医学图像中，通常使用数字扫描仪将病理图像存储到计算机上，即幻灯片的数字版本称为WSI(whole slide image)。因为WSI的分辨率比较大，常规处理方法通常无法完成对其进行处理，所以需要借助openslide库进行处理。

官方文档: https://openslide.org/api/python/#module-openslide

我们进行安装：

pip install openslide-python

但是会报错：

![在这里插入图片描述][dc99c936bfc045a2b28e159e894b6946.png]  
报错内容为：

ImportError: cannot import name '_convert' from partially initialized module 'openslide' (most likely due to a circular import) (/home/wangzk/workspace/sc_MTOP-master/openslide-python/openslide/__init__.py)

如果导入时发生报错，那一般是缺少依赖项。查阅网上的资料发现，大多数都是要求编译：

sudo apt install python-openslide

确实可以，但是，肯定会提示没有 libjpeg这个库包，于是在源码编译安装这个文件的时候又会提示 permission denied

![在这里插入图片描述][c2d787958e9a44e69d7e0e333c778668.png]  
网上的方法如下：

sudo apt-get update
    sudo apt-get install libtiff-dev
    sudo apt-get install libglib2.0-dev
    sudo apt-get install libcairo2-dev
    sudo apt-get install libxml2-dev
    sudo apt-get install libxgdk-pixbuf2.0-dev
    sudo apt-get install libjpeg-devsudo apt-get install libpng-dev

我要是可以用sudo，还费这么大劲源码编译安装openslide干什么，直接sudo apt-get install openslide多好。

接下来的方法，我是亲测可以使用的：

安装OpenSlide C库。我们可以使用Conda或系统软件包管理器安装，也可以从源代码编译安装。

使用Conda安装：

conda install -c conda-forge openslide

![在这里插入图片描述][9f650140e6d047f1b98ccaffe1997aa1.png]

conda install -c conda-forge openslide-python

![在这里插入图片描述][e894965d553240f2bd30334c466b287d.png]  
完成以上步骤后，我们就可以在Conda环境中使用OpenSlide Python包了。请注意，OpenSlide Python包的导入方式为：

import openslide

![在这里插入图片描述][3c2cf3fe834544f3bf3045b67e34539d.png]  
显示为这样，并且不报错！

[dc99c936bfc045a2b28e159e894b6946.png]: https://image.dandelioncloud.cn/pgy_files/images/2024/05/05/f941815ae3104b5992c1c596cde5e375.png
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