python读取.nii.gz文件并展示医学图片

小灰灰 2023-06-15 07:14 10阅读 0赞

### python读取.nii.gz文件并展示医学图片 ###

*  [注意细节][Link 1]
 *  [我的数据集格式][Link 2]
 *  [展示图片][Link 3]
 *  [补充][Link 4]

# 注意细节 #

第一次做医学图像相关的内容，拿到数据集却不会用，搞了半天终于可以打开显示了，必须写一个给跟我一样的小白！！！  
1.width, height, queue = img.dataobj.shape  
这句话是取shape中的三个参数，而我的patient001\_4d.nii.gz这个文件中shape是有四个参数的，我一直用这个文件做测试，然后一直报错，换其他几个文件就没毛病了，要用四个参数的文件，你加一个 width, height, queue,queue1 = img.dataobj.shape就不会报错，也不会影响后面的内容。  
2.我参考了这个博客的代码：https://blog.csdn.net/m0\_37852937/article/details/85031853

# 我的数据集格式 #

![这是我的数据集][20190917204800657.png]  
`代码片`.

#查看和显示nii.gz文件
    
    import matplotlib
    matplotlib.use('TkAgg')
    from matplotlib import pylab as plt
    import nibabel as nib
    from nibabel import nifti1
    from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D
    
    example_filename = 'patient001/patient001_frame01.nii.gz'
    img = nib.load(example_filename)
    print(img)
    print(img.header['db_name'])  # 输出头信息
    
    #shape有四个参数 patient001_4d.nii.gz
    #shape有三个参数 patient001_frame01.nii.gz   patient001_frame12.nii.gz
    #shape有三个参数  patient001_frame01_gt.nii.gz   patient001_frame12_gt.nii.gz
    width, height, queue = img.dataobj.shape
    OrthoSlicer3D(img.dataobj).show()
    
    num = 1
    for i in range(0, queue, 10):
        img_arr = img.dataobj[:, :, i]
        plt.subplot(5, 4, num)
        plt.imshow(img_arr, cmap='gray')
        num += 1
    
    plt.show()

# 展示图片 #

![在这里插入图片描述][watermark_type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk_shadow_10_text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L2hhaGFoYXNoaW5pYQ_size_16_color_FFFFFF_t_70]  
![在这里插入图片描述][watermark_type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk_shadow_10_text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L2hhaGFoYXNoaW5pYQ_size_16_color_FFFFFF_t_70 1]

# 补充 #

可以直接打开nii或者nii.gz格式文件，用itk程序，可以看图片，也可以将电影MRI切片成png格式的图片。还可以看专家已经标注好的分割效果。

[Link 1]: https://blog.csdn.net/hahahashinia/article/details/100939778#_2
[Link 2]: https://blog.csdn.net/hahahashinia/article/details/100939778#_8
[Link 3]: https://blog.csdn.net/hahahashinia/article/details/100939778#_44
[Link 4]: https://blog.csdn.net/hahahashinia/article/details/100939778#_47
[20190917204800657.png]: https://img-blog.csdnimg.cn/20190917204800657.png
[watermark_type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk_shadow_10_text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L2hhaGFoYXNoaW5pYQ_size_16_color_FFFFFF_t_70]: https://img-blog.csdnimg.cn/20190917205912705.png?x-oss-process=image/watermark,type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk,shadow_10,text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L2hhaGFoYXNoaW5pYQ==,size_16,color_FFFFFF,t_70
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