增强包_Cytoscape: MCODE增强包的网络模块化分析

小鱼儿 2023-01-07 03:48 111阅读 0赞

作者：郑伟 西北农林科技大学

责编：刘永鑫 中科院遗传发育所

之前的教程提供了Cytoscape基础和视频、R igraph包的网络构建方法，那么在我们得到network图之后，还可以进行深一步分析，今天给大家带来基于Cytoscape软件下MCODE增强包的模块化分析。

首先我们需要下载Cytoscape的增强包MCODE，在Cytoscape官网 或者软件的APP里都能找到。

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下载好后，我们可以打开一个现有的network。安装好后我们可以在APP中可以看到MCODE增强包

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这个network是我之前准备好的，外圈为细菌，内圈为真菌。然后直接用MCODE分析就好了。参数可以按照自己选择自行设置。大部分文章都是默认值。

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在右边可以看到结果与得分

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然后我们可以把他们输出出来加工成图，这是我加工后的成图，一共6个处理。

那么我们就得到了一个一个关联非常相近的小群体。

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讲了这么多，可能有人会问，这个分析有什么用？

如果你分析的是单纯的微生物群组或者基因，这个分析主要能够帮我们发现在network中联系更紧密的群组或者基因。看一看每一个submodule中，菌种或者基因之间的相互作用。比较详细点的例子，大家可以仔细阅读Halary et al. (2010) Network analyses structure genetic diversity in independent genetic worlds. PNAS 107 127-132. doi.10.1073/pnas.0908978107

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也有文章在分析中加入了环境指标，如Banerjee et al. 发表在EM上的一篇文章， 详细的揭示了环境指标是如何通过影响submodules来影响整个network的。

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如果大家感兴趣可以阅读一下此文。Banerjee et al. 2016 Determinants of bacterial communities in Canadian agroforestry systems. Environmental Microbiology (2016) 18(6), 1805–1816. doi. 10.1111/1462-2920.12986.

## 作者简介 ##

郑伟：西北农林科技大学资源环境学院，植物营养学专业。研究方向为土壤微生物生态，具体为不同施肥方式及农业措施介导下土壤微生物群落结构及功能基因在土壤养分周转及作物营养吸收方面的相互作用。曾参与国家自然科学基金，农业部公益性项目等多个项目的研究工作。目前发表科研论文近20余篇，相关研究成果以第一作者在*Soil Biology Biochemistry、Biology and Fertility of Soils、European Journal of Soil Biology*等土壤学领域著名期刊发表。获本专业相关专利2项。在宏基因组公众号发表《生信小白的福音——免费在线分析扩增子数据SILVAngs》、《功能预测之Tax4Fun》 、《Cytoscape:MCODE增强包的网络模块化分析》等。

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