python画circos图_用R画circos图及代码

向右看齐 2022-10-28 00:51 265阅读 0赞

微信公众号：生物信息学习

最近有朋友问我怎么画circos图，需求比较简单，附上简单的代码

library(RCircos)

如果没有这个包，请自行安装

install.packages("RCircos")

最后一次介绍安装命令，以后有需要自己安装，不再在代码中体现了。

\#\#导入各种需要的数据，感兴趣可以自己打开看看数据是什么样的

data(UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram)

data(RCircos.Scatter.Data)

data(RCircos.Histogram.Data)

data(RCircos.Link.Data)

data(RCircos.Ribbon.Data)

查看第一行数据

UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram\[1,\]

开始做图

RCircos.Set.Core.Components(cyto.info=UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram,chr.exclude=NULL,tracks.inside=5,tracks.outside=0)

RCircos.Set.Plot.Area()

RCircos.Chromosome.Ideogram.Plot() \#\#做出最外层

RCircos.Scatter.Plot(RCircos.Scatter.Data, data.col=5,track.num=1, side='in', by.fold=1) \#\#从外到内的第二层

RCircos.Histogram.Plot(RCircos.Histogram.Data,data.col = 4,track.num = 3,side = 'in')\#\#第三层

RCircos.Link.Plot(RCircos.Link.Data,track.num=4,TRUE)\#\#最中间的线

最终结果展示：

![ea2aa91517ffc5107ec2e8245e88c21b.png][]

image

思路比较简单，但做图最主要是要看起来好看，好看就需要调各种参数以满足自己的需求，所谓师父领进门修行在个人，其中参数的调整还是比较花时间的，希望有需求的朋友自己研究的。

祝各位早日成功！成功后欢迎各位积极投稿以让更多的人看到！

![8be5151712a276c70b80f82205e76a78.png][]

image.png

[ea2aa91517ffc5107ec2e8245e88c21b.png]: /images/20221024/46ae511140c74fbe82fd9ac01d442fed.png
[8be5151712a276c70b80f82205e76a78.png]: /images/20221024/721fe57ca4b2432580dcf8ed8213786a.png

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