工具 | 使用 arXiv API + Github Actions 实现每天自动获取arXiv论文摘要

- 日理万妓 2022-08-28 01:52 734阅读 0赞

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干货第一时间送达

![5ca18a6a5826eec6c23e9c4c1688dfb4.png][]

作者丨Realcat

来源丨计算机视觉SLAM

Hi大家好，我是Realcat，最近周末爆肝搞了个自动获取arXiv论文的小工具，感兴趣的同学可以看下。

经常关注学术界最新动态的同学对`arXiv`可能会非常熟悉，它是全球最大的学术开放共享平台，目前存储了8个学科领域近200万篇学术文章\[1\]，学者们经常会将其即将发表的文章挂在`arXiv`上进行同行评议，这极大地促进了学术界的开放性与协作性。

众多的文章让人眼花缭乱，让人无法马上获取自己关注领域的文章。笔者最近使用`arXiv API`\[2\] + `Github Actions`\[3\] 实现了每天自动从`arXiv`获取相关主题文章并发布在`Github`的功能。

首先给出最终效果图，下图所示为 Github 页面中的`README.md`，它以表格的形式列出了关于`SLAM`的最新文章。

![e978a4bf030fff1f3112b7819a22779c.png][]

**太长不想看，直接翻到文末，我把代码祭了出来！**

## arXiv API 简介 ##

### 基本语法 ###

`arXiv API`\[2\]允许用户以编程方式访问`arXiv.org`上托管的数百万份电子论文。`arXiv API`\[2\]用户手册提供了论文检索的基本语法，按照其提供的语法检索可得到对应论文的metadata，即元数据，包括论文题目，作者，摘要，评论等信息。API调用的格式如下所示：

http://export.arxiv.org/api/{method_name}?{parameters}

以`method_name=query`为例子，我们想要检索论文作者`Adrian DelMaestro`且论文题目中包含`checkerboard`的文章，可以这么写：

http://export.arxiv.org/api/query?search_query=au:del_maestro+AND+ti:checkerboard

其中前缀`au`表示author，`ti`表示Title，`+`是对空格的编码（由于url中不可出现空格）。

<table> 
 <thead> 
  <tr> 
   <th>prefix</th> 
   <th>explanation</th> 
  </tr> 
 </thead> 
 <tbody> 
  <tr> 
   <td>ti</td> 
   <td>Title</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>au</td> 
   <td>Author</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>abs</td> 
   <td>Abstract</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>co</td> 
   <td>Comment</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>jr</td> 
   <td>Journal Reference</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>cat</td> 
   <td>Subject Category</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>rn</td> 
   <td>Report Number</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>id</td> 
   <td>Id (use id_list instead)</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>all</td> 
   <td>All of the above</td> 
  </tr> 
 </tbody> 
</table>

另外，`AND`表示`与`运算，API的`query`方法支持布尔运算：`AND`、`OR`以及`ANDNOT`。

上述搜索的结果是以`Atom feeds`的形式返回的，任何能够进行HTTP请求并能够解析`Atom feeds`的语言都可调用该API，以`Python`为例：

import urllib.request as libreq
    with libreq.urlopen('http://export.arxiv.org/api/query?search_query=au:del_maestro+AND+ti:checkerboard') as url:
        r = url.read()
    print(r)

打印出的结果中包含了论文的metadata，那么接下来的任务是解析该数据并将其中我们关注的信息按照某种格式写下来。

### arxiv.py 小试牛刀 ###

已经有人帮我们做好了上述结果的解析，我们不必重复造轮子。同时，论文查询的方式也更加优雅。在这里我们推荐的是`arxiv.py`\[5\]。

首先安装`arxiv.py`：

pip install arxiv

然后在Python脚本中`import arxiv`即可。

以搜索`SLAM`为关键词，要求返回10个结果，同时按照发布日期排序，脚本如下：

import arxiv
    
    search = arxiv.Search(
      query = "SLAM",
      max_results = 10,
      sort_by = arxiv.SortCriterion.SubmittedDate
    )
    for result in search.results():
      print(result.entry_id, '->', result.title)

上述脚本中`(Search).results()`函数返回了论文的metadata，`arxiv.py`已经帮我们解析好了，可以直接调用诸如`result.title`这样的元素，类似的还有如下元素：

<table> 
 <thead> 
  <tr> 
   <th>element</th> 
   <th>explanation</th> 
  </tr> 
 </thead> 
 <tbody> 
  <tr> 
   <td>entry_id</td> 
   <td>A url http://arxiv.org/abs/{id}.</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>updated</td> 
   <td>When the result was last updated.</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>published</td> 
   <td>When the result was originally published.</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>title</td> 
   <td>The title of the result.</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>authors</td> 
   <td>The result's authors, as arxiv.Authors.</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>summary</td> 
   <td>The result abstract.</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>comment</td> 
   <td>The authors' comment if present.</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>journal_ref</td> 
   <td>A journal reference if present.</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>doi</td> 
   <td>A URL for the resolved DOI to an external resource if present.</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>primary_category</td> 
   <td>The result's primary arXiv category. See arXiv: Category Taxonomy[4].</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>categories</td> 
   <td>All of the result's categories. See arXiv: Category Taxonomy.</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>links</td> 
   <td>Up to three URLs associated with this result, as arxiv.Links.</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>pdf_url</td> 
   <td>A URL for the result's PDF if present. Note: this URL also appears among result.links.</td> 
  </tr> 
 </tbody> 
</table>

上述搜索脚本在终端打印出如下结果：

http://arxiv.org/abs/2110.11040v1 -> InterpolationSLAM: A Novel Robust Visual SLAM System in Rotational Motion
    http://arxiv.org/abs/2110.10329v1 -> SLAM: A Unified Encoder for Speech and Language Modeling via Speech-Text Joint Pre-Training
    http://arxiv.org/abs/2110.09156v1 -> Enhancing exploration algorithms for navigation with visual SLAM
    http://arxiv.org/abs/2110.08977v1 -> Accurate and Robust Object-oriented SLAM with 3D Quadric Landmark Construction in Outdoor Environment
    http://arxiv.org/abs/2110.08639v1 -> Partial Hierarchical Pose Graph Optimization for SLAM
    http://arxiv.org/abs/2110.07546v1 -> Active SLAM over Continuous Trajectory and Control: A Covariance-Feedback Approach
    http://arxiv.org/abs/2110.06541v2 -> Collaborative Radio SLAM for Multiple Robots based on WiFi Fingerprint Similarity
    http://arxiv.org/abs/2110.05734v1 -> Learning Efficient Multi-Agent Cooperative Visual Exploration
    http://arxiv.org/abs/2110.03234v1 -> Self-Supervised Depth Completion for Active Stereo
    http://arxiv.org/abs/2110.02593v1 -> InterpolationSLAM: A Novel Robust Visual SLAM System in Rotating Scenes

接下来的脚本`daily_arxiv.py`将实现从`arXiv`获取关于`SLAM`的论文，并将论文的发布时间、论文名、作者以及代码等信息制作成`Markdown`表格并写为`README.md`文件。

import datetime
    import requests
    import json
    import arxiv
    import os
    def get_authors(authors, first_author = False):
        output = str()
        if first_author == False:
            output = ", ".join(str(author) for author in authors)
        else:
            output = authors[0]
        return output
    def sort_papers(papers):
        output = dict()
        keys = list(papers.keys())
        keys.sort(reverse=True)
        for key in keys:
            output[key] = papers[key]
        return output    
    
    def get_daily_papers(topic,query="slam", max_results=2):
        """
        @param topic: str
        @param query: str
        @return paper_with_code: dict
        """
    
        # output 
        content = dict() 
        
        search_engine = arxiv.Search(
            query = query,
            max_results = max_results,
            sort_by = arxiv.SortCriterion.SubmittedDate
        )
    
        for result in search_engine.results():
    
            paper_id       = result.get_short_id()
            paper_title    = result.title
            paper_url      = result.entry_id
    
            paper_abstract = result.summary.replace("\n"," ")
            paper_authors  = get_authors(result.authors)
            paper_first_author = get_authors(result.authors,first_author = True)
            primary_category = result.primary_category
    
            publish_time = result.published.date()
    
            print("Time = ", publish_time ,
                  " title = ", paper_title,
                  " author = ", paper_first_author)
    
            # eg: 2108.09112v1 -> 2108.09112
            ver_pos = paper_id.find('v')
            if ver_pos == -1:
                paper_key = paper_id
            else:
                paper_key = paper_id[0:ver_pos] 
    
            content[paper_key] = f"|**{publish_time}**|**{paper_title}**|{paper_first_author} et.al.|[{paper_id}]({paper_url})|\n"
        data = {topic:content}
        
        return data 
    
    def update_json_file(filename,data_all):
        with open(filename,"r") as f:
            content = f.read()
            if not content:
                m = {}
            else:
                m = json.loads(content)
                
        json_data = m.copy() 
        
        # update papers in each keywords         
        for data in data_all:
            for keyword in data.keys():
                papers = data[keyword]
    
                if keyword in json_data.keys():
                    json_data[keyword].update(papers)
                else:
                    json_data[keyword] = papers
    
        with open(filename,"w") as f:
            json.dump(json_data,f)
        
    def json_to_md(filename):
        """
        @param filename: str
        @return None
        """
        
        DateNow = datetime.date.today()
        DateNow = str(DateNow)
        DateNow = DateNow.replace('-','.')
        
        with open(filename,"r") as f:
            content = f.read()
            if not content:
                data = {}
            else:
                data = json.loads(content)
    
        md_filename = "README.md"  
          
        # clean README.md if daily already exist else create it
        with open(md_filename,"w+") as f:
            pass
    
        # write data into README.md
        with open(md_filename,"a+") as f:
      
            f.write("## Updated on " + DateNow + "\n\n")
            
            for keyword in data.keys():
                day_content = data[keyword]
                if not day_content:
                    continue
                # the head of each part
                f.write(f"## {keyword}\n\n")
                f.write("|Publish Date|Title|Authors|PDF|\n" + "|---|---|---|---|\n")
                # sort papers by date
                day_content = sort_papers(day_content)
            
                for _,v in day_content.items():
                    if v is not None:
                        f.write(v)
    
                f.write(f"\n")
        print("finished")     
    
    if __name__ == "__main__":
    
        data_collector = []
        keywords = dict()
        keywords["SLAM"] = "SLAM"
     
        for topic,keyword in keywords.items():
     
            print("Keyword: " + topic)
            data = get_daily_papers(topic, query = keyword, max_results = 10)
            data_collector.append(data)
            print("\n")
    
        # update README.md file
        json_file = "cv-arxiv-daily.json"
        if ~os.path.exists(json_file):
            with open(json_file,'w')as a:
                print("create " + json_file)
        # update json data
        update_json_file(json_file,data_collector)
        # json data to markdown
        json_to_md(json_file)

上述脚本的要点在于：

1.  检索的`主题`和`关键词`都是`SLAM`，返回最新的10篇文章;
2.  注意，上述`主题`是用作表格前二级标题的名字，而`关键词`才是真正要检索的内容，特别注意对于有空格关键词多搜索格式，如`camera localization`要写成`\"camera Localization\"`，其中的`\"`表转义，各位同学可按照规则增加自己感兴趣的keywords;
3.  论文列表按照发布在arXiv上的时间排序，最新的排在最前面;

这看起来似乎已经大功告成，但这里存在两个问题：1. 每次使用必须手动运行；2. 仅可在本地进行查看。为了能够每天自动地运行上述脚本且同步在Github仓库，`Github Actions`就派上用场了。

## Github Actions 简介 ##

再次明确，我们的目标是使用`GitHub Actions`每天自动从`arXiv`获取关于`SLAM`的论文，并将论文的发布时间、论文名、作者以及代码等信息制作成`Markdown`表格发布在Github上。

### 什么是 Github Actions ? ###

`Github Actions` 是 GitHub 的持续集成服务，于2018年10月推出。

以下是官方解释\[3\]：

> “
> 
> GitHub Actions help you automate tasks within your software development life cycle. GitHub Actions are event-driven, meaning that you can run a series of commands after a specified event has occurred. For example, every time someone creates a pull request for a repository, you can automatically run a command that executes a software testing script.
> 
> ”

简而言之，`GitHub Actions`由`Events`驱动，可实现任务自动化。

### 基本概念 ###

GitHub Actions 有一些自己的术语\[10\],\[9\]。

1.  `workflow` （工作流程）：持续集成一次运行的过程，就是一个 workflow;
2.  `job` （任务）：一个 workflow 由一个或多个 jobs 构成，含义是一次持续集成的运行，可以完成多个任务;
3.  `step`（步骤）：每个 job 由多个 step 构成，一步步完成;
4.  `action` （动作）：每个 step 可以依次执行一个或多个命令（action）;

![310084efa098c0554886c148c8e80d66.png][]

### 部署    ###

登陆自己的Github账号，新建一个仓库，如`cv-arxiv-daily`，点击`Actions`，然后点击`Set up this workflow`，如下图所示：

![02b0649d23cddd808d5b1ee824de3f30.png][]

经过上述步骤后，会新建一个名为`black.yml`的文件（如下图所示），它所在的目录是`.github/workflows/`，注意这个目录绝对不可改变，这个文件夹下存放了需要执行的`workflow`，即`工作流`，`GitHub Actions`会自动识别这个文件夹下的`yml`工作流文件并按照规则执行。

![e810f1003ecf663e64eaba48d6cce5fa.png][]

这个`black.yml`实现了一个最简单的`工作流`：打印`Hello, world!`。

> “
> 
> 需要注意的是`GitHub Actions`工作流有自己的一套语法，由于篇幅限制，不在此处细说，具体请参考这里\[9\]。
> 
> ”

为了能够实现上节的python脚本`daily_arxiv.py`自动运行，不难得到如下工作流配置cv-arxiv-daily.yml，注意其中的两个环境变量`GITHUB_USER_NAME`以及`GITHUB_USER_EMAIL`分别替换成自己的ID与邮箱。

# name of workflow
    name: Run Arxiv Papers Daily
    
    # Controls when the workflow will run
    on:
      # Allows you to run this workflow manually from the Actions tab
      workflow_dispatch:
      schedule:
        - cron:  "* 12 * * *"  # Runs every minute of 12th hour
    env:
    
      GITHUB_USER_NAME: your_github_id # your github id
      GITHUB_USER_EMAIL: your_email_addr # your email address
      
      
    # A workflow run is made up of one or more jobs that can run sequentially or in parallel
    jobs:
      # This workflow contains a single job called "build"
      build:
        name: update
        # The type of runner that the job will run on
        runs-on: ubuntu-latest
        
        # Steps represent a sequence of tasks that will be executed as part of the job
        steps:
          - name: Checkout
            uses: actions/checkout@v2
            
          - name: Set up Python Env
            uses: actions/setup-python@v1
            with:
              python-version: 3.6        
    
          - name: Install dependencies
            run: |
              python -m pip install --upgrade pip
              pip install arxiv
              pip install requests
              
          - name: Run daily arxiv 
            run: |
              python daily_arxiv.py
              
          - name: Push new cv-arxiv-daily.md
            uses: github-actions-x/commit@v2.8
            with:
              github-token: ${
        { secrets.GITHUB_TOKEN }}
              commit-message: "Github Action Automatic Update CV Arxiv Papers"
              files: README.md cv-arxiv-daily.json
              rebase: 'true'
              name: ${
        { env.GITHUB_USER_NAME }}
              email: ${
        { env.GITHUB_USER_EMAIL }}

其中，`workflow_dispatch`表示用户可以通过手动点击的方式运行，`schedule`\[7\]表示定时执行，具体规则请查看Events that trigger workflows \[8\]。

这里使用了`cron`的语法，它有5个字段，分别用空格分开，具体如下：

┌───────────── minute (0 - 59)
    │ ┌───────────── hour (0 - 23)
    │ │ ┌───────────── day of the month (1 - 31)
    │ │ │ ┌───────────── month (1 - 12 or JAN-DEC)
    │ │ │ │ ┌───────────── day of the week (0 - 6 or SUN-SAT)
    │ │ │ │ │
    │ │ │ │ │
    │ │ │ │ │
    * * * * *

补充语法：

<table> 
 <thead> 
  <tr> 
   <th>Operator</th> 
   <th>Description</th> 
   <th>Example</th> 
  </tr> 
 </thead> 
 <tbody> 
  <tr> 
   <td>*</td> 
   <td>Any value</td> 
   <td><code>* * * * *</code> runs every minute of every day.</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>,</td> 
   <td>Value list separator</td> 
   <td><code>2,10 4,5 * * *</code> runs at minute 2 and 10 of the 4th and 5th hour of every day.</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>-</td> 
   <td>Range of values</td> 
   <td><code>0 4-6 * * *</code> runs at minute 0 of the 4th, 5th, and 6th hour.</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>/</td> 
   <td>Step values</td> 
   <td><code>20/15 * * * *</code> runs every 15 minutes starting from minute 20 through 59 (minutes 20, 35, and 50).</td> 
  </tr> 
 </tbody> 
</table>

上述 `workflow` 的要点总结如下：

1.  每天 UTC 12:00 触发事件，运行`workflow`;
2.  仅有一个名为`build`的`job`，运行在虚拟机环境`ubuntu-latest`;
3.  第一步是获取源码，使用的 `action` 是 `actions/checkout@v2`;
4.  第二步是配置Python环境，使用的 `action` 是 `actions/setup-python@v1`，python版本是`3.6`;
5.  第三步是安装依赖库，分别进行升级`pip`，安装`arxiv.py`库，安装`requests`库;
6.  第四步是运行 `daily_arxiv.py`脚本，该步骤生成json临时文件以及对应的`README.md`;
7.  第五步是推送代码到本仓库，使用的 `action` 是 `github-actions-x/commit@v2.8`\[11\]，需要配置的参数包括，提交的`commit-message`，需要提交的文件`files`，Github用户名`name`以及邮箱`email`;

`workflow`成功部署后就会在Github repo下生成一个`json`文件以及`README.md`文件，同时将会看到如本文开头的文章列表，Github Action后台的log如下：

![d9a855fedc5a9ecbe18f0c700985b1e2.png][]

## 总结 ##

本文介绍了一种使用`Github Actions`实现自动每天获取arXiv论文的方法，可较为方便地获取并预览感兴趣的最新文章。本文列举的例子较为方便修改，各位读者可通过增加keywords的内容来甄选感兴趣的主题。文中所有的代码已开源，地址见文章结尾。

最新的代码中增加了获取`arXiv`论文**源代码**的功能，增加了几个关键词以及增加了自动部署到一个`Github Page`页面的功能。

此外，本文列举的方法存在几个问题：1. 所生成的json文件为临时文件，可优化将其删除；2. `README.md`文件大小会随时间推移逐渐增大，后续可增加归档功能；3. 并非每个人每天都会浏览Github，后续将增加发送文章到个人邮箱的功能。

代码：***github.com/Vincentqyw/cv-arxiv-daily***

欢迎大家 `fork` & `star`，打造自己的论文搜索利器:)

## 参考 ##

\[1\]: About arXiv, https://arxiv.org/about

\[2\]: arXiv API User's Manual, https://arxiv.org/help/api/user-manual

\[3\]: Github Actions: https://docs.github.com/en/actions/learn-github-actions

\[4\]: arXiv Category Taxonomy: https://arxiv.org/category\_taxonomy

\[5\]: Python wrapper for the arXiv API, https://github.com/lukasschwab/arxiv.py

\[6\]: Full package documentation: arxiv.arxiv, http://lukasschwab.me/arxiv.py/index.html

\[7\]: Github Actions on.schedule: https://docs.github.com/en/actions/learn-github-actions/workflow-syntax-for-github-actions\#onschedule

\[8\]: Github Actions Events that trigger workflows: https://docs.github.com/en/actions/learn-github-actions/events-that-trigger-workflows\#scheduled-events

\[9\]: Workflow syntax for GitHub Actions, https://docs.github.com/en/actions/learn-github-actions/workflow-syntax-for-github-actions

\[10\]: GitHub Actions 入门教程, http://www.ruanyifeng.com/blog/2019/09/getting-started-with-github-actions.html

\[11\]: Git commit and push, https://github.com/github-actions-x/commit

\[12\]: Generate a list of papers daily arxiv, https://github.com/zhuwenxing/daily\_arxiv

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[1.]: https://blog.csdn.net/Yong_Qi2015/article/details/119284035
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[3.]: https://blog.csdn.net/Yong_Qi2015/article/details/117828998
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[8._SLAM_cartographer_LOAM _LIO-SAM]: https://blog.csdn.net/Yong_Qi2015/article/details/120328880
[9._3D]: https://blog.csdn.net/biaoshu2/article/details/106665145
[10.]: http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU1MjY4MTA1MQ==&mid=2247582082&idx=2&sn=cc10291ddfdf6b05bdae71887c7c819c&chksm=fbfdaab6cc8a23a020a7359eae081f06c24572a12975bfd90396ac583a0081750f489db89b49&scene=21#wechat_redirect
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