atat 编译安装测试说明

以你之姓@ 2022-06-16 03:21 939阅读 0赞

科学计算软件编译安装方法说明 --- atat 篇 （提供免费测试QQ 178068275）

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官网地址：

http://www.brown.edu/Departments/Engineering/Labs/avdw/atat/

截止目前（2017.5.4）最新版本：

http://www.brown.edu/Departments/Engineering/Labs/avdw/atat/atat3\_23.tar.gz

**1. 什么是atat？**

ATAT is a generic name that refers to a collection of alloy theory tools developped by Axel van de Walle, in collaboration with various research groups and with various sources of financial support.  
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**2. atat编译环境**

Intel Compiler /GNU Compiler  + MPI Compiler

**3. 安装 Intel Compiler 编译器，设置编译环境**

如果使用的是Intel的CPU，建议使用Intel的编译器。

详细安装方法参见博客相关文章。

例如使用TH-1A的Intel 2013编译器编译lammps，可以加载如下环境变量：

source /opt/intel/composer_xe_2013.0.079/bin/iccvars.sh intel64    
    source /opt/intel/composer_xe_2013.0.079/bin/ifortvars.sh intel64  
    source /opt/intel/composer_xe_2013.0.079/mkl/bin/mklvars.sh intel64

4**.安装 MPI Compiler，设置编译环境**

编译并行版的程序需要并行编译器，例如MPI并行的程序需要MPI编译器，常用的MPI例如Intel MPI 、MPICH 、OPENMPI等。

不同的机器可能针对自身硬件进行MPI优化，天河系统的MPI是基于开源MPICH进行的二次开发优化，进而支持性能卓越的天河自主高速互联网络。

详细安装方法参见博客相关文章。

例如使用TH-1A的Intel 2013编译器编译的mpich，可以加载如下环境变量：

export MPI_HOME=/usr/local/mpi-intel2013    
    export PATH=$MPI_HOME/bin:$PATH    
    export LD_LIBRARY_PATH=$MPI_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH

**5.编译atat**

tar atat3_23.tar.gz
    cd atat
    vim makefile
      #BINDIR=$HOME/bin
      BINDIR="/path/to/install/atat/bin"  # 修改安装目录
    
      #for g++ compiler on all platforms
      #CXX=g++
      CXX=icpc # 修改编译器
    
      #for MPI: limited implementation at this point
      #MPICXX=mpiCC -DATAT_MPI
      MPICXX=mpicxx -DATAT_MPI # 修改编译器
    
    make all
    make install

**6.配置~/ezvasp.rc**

#!/bin/csh
    #enter name of vasp executable here
    set VASPCMD=/path/to/bin/vasp # 设置vasp可执行程序
    #enter the directories containing the pseudopotentials here
    set POTLDA="/path/to/pot_lad" # 设置为实际的路径
    set POTGGA="/path/to/pot_gga"
    set POTPAWLDA="/path/to/paw_lda"
    set POTPAWGGA="/path/to/potpaw_gga"
    set POTPAWPBE="/path/to/potpaw_pbe"

备注：

如果是使用例如TH-1A系统，那么VASPCMD命令请修改为实际申请计算资源时候的命令，例如：

set VASPCMD="yhrun -N 2 -n 24 -p debug /path/to/bin/vasp"

**7.****配置输入文件（举例）**

输入文件：

lat.in

3.394820 0.000000 0.000000
    0.000000 3.394820 0.000000
    0.000000 0.000000 3.394820
    0.500000 0.500000 0.500000
    0.500000 -0.500000 0.500000
    0.500000 0.500000 -0.500000
    0.000000 0.000000 0.000000 Al,Ti

vasp.wrap

[INCAR]
    PREC = high
    ISMEAR = -1
    SIGMA = 0.1
    NSW=41
    IBRION = 2
    ISIF = 3
    KPPRA = 1000
    DOSTATIC
    USEPOT = PAWPBE

**8.****编写提交脚本（举例）**

sub.sh

#!/bin/bash
    export PATH=/path/to/install/atat/bin:$PATH
    export
    
    rm -rf ~/.machines.rc
    maps -d &
    touch ready
    sleep 5
    cd 0
    runstruct_vasp
    cd ..
    pollmach runstruct_vasp

**9.提交脚本**

yhbatch -N 2 -n 24 -p debug sub.sh

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