ubuntu windows 分别安装openslide

古城微笑少年丶 2022-03-29 13:19 785阅读 0赞

为了读图，分别在ubuntu 和 windows 下安装openslide。亲测成功

## ubuntu ##

Openslide是医学图像一个重要的库，这里给出三条命令进行安装

sudo apt-get install openslide-tools

sudo apt-get install python-openslide

pip install openslide-python

可以参考我的另一篇博文 [https://blog.csdn.net/weixin\_37485708/article/details/86416208][https_blog.csdn.net_weixin_37485708_article_details_86416208] 其中有一步是安装openslide

（ 参考 [http://www.bubuko.com/infodetail-2316068.html][http_www.bubuko.com_infodetail-2316068.html]）

## windows ##

(参考： [https://blog.csdn.net/m0\_37151059/article/details/79114735][https_blog.csdn.net_m0_37151059_article_details_79114735])

电脑里应该有 visual studio！！！否则pip时会报错，说Microsoft Visual C++14.0 is required.....我笔记本安装的2013版本，电脑里是2015版本，都有这个

![20190706154557906.png][]

就可以按照下面的步骤顺利安装啦！

1、首先在 [https://openslide.org/download/][https_openslide.org_download]  下载openslide的二进制文件

![watermark_type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk_shadow_10_text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L3dlaXhpbl8zNzQ4NTcwOA_size_16_color_FFFFFF_t_70][]

注意计算机的位数，下载好后解压即可，然后把 bin 和 lib 加入环境变量的path中，我的如图所示：

![20190410105418995.png][]

2、pip install openslide-python

可以导入啦！

## 下面写的是第一次失败的尝试，只作为记录，大家不要看！！ ##

## 1、下载openslide ##

[https://openslide.org/download/][https_openslide.org_download]

安装openslide-python 直接参考这博客，几句命令即可 [https://www.linuxidc.com/Linux/2017-09/147188.htm?utm\_source=tuicool][https_www.linuxidc.com_Linux_2017-09_147188.htm_utm_source_tuicool]

sudo apt-get install openslide-tools

sudo apt-get install python-openslide

import openslide

我选择openslide3.4.1,下载好后解压 tar -xvzf openslide-3.4.1.tar.gz -C openslide （指定解压在openslide文件夹内）

## 2、安装一些库 ##

参考 [https://blog.csdn.net/caicai2526/article/details/71366326][https_blog.csdn.net_caicai2526_article_details_71366326]

1. sudo apt-get install libopenjpeg-dev libsqlite3-dev   
2. sudo apt-get install openslide-tools   
3. sudo apt-get install python-openslide   
4. sudo apt-get install python3-openslide

## 3、make 安装openslide ##

cd /home/cassiel/文档/openslide/openslide-3.4.1

./configure

出现error ：configure: error: in \`/home/cassiel/文档/openslide/openslide-3.4.1':configure: error: cannot find libjpeg

![20190108185555853.png][]

想起来，前面那一堆库忘了安装

1、下载安装jpeg

[http://www.ijg.org/][http_www.ijg.org] 同样解压到openslide了 tar -xvzf jpegsrc.v9c.tar.gz -C openslide

从终端进入到 libjpeg 所在目录，用常规方法即可安装，命令如下：  
        ./configure  
         make  
         sudo make install        （注意！一定要用sudo安装！否则make通过make install通不过）  
        ＃make test                  （用于测试）

2、安装zlib [https://blog.csdn.net/qq\_21383435/article/details/79539034][https_blog.csdn.net_qq_21383435_article_details_79539034]

tar -xvzf zlib-1.2.11.tar.gz -C openslide

进入解压后的文件夹 ./configure ; make ; sudo make install

3、安装libtiff [http://download.osgeo.org/libtiff/][http_download.osgeo.org_libtiff]  同上 ; libtiff 使用  [https://www.cnblogs.com/hujianhua/p/3261013.html][https_www.cnblogs.com_hujianhua_p_3261013.html]

4、安装 libpng [https://sourceforge.net/projects/libpng/files/][https_sourceforge.net_projects_libpng_files] 我选择的版本：1.5.30

库还没有完全安装好，但是现在python里面是可以import openslide的（我也很奇怪）明明下载的openslide还没有make成功呀。

[https://blog.csdn.net/weixin\_41787032/article/details/79817926][https_blog.csdn.net_weixin_41787032_article_details_79817926]

[https://blog.csdn.net/weixin\_41787032/article/details/79845912][https_blog.csdn.net_weixin_41787032_article_details_79845912]

按照这两个教程，读出了一个图片，但是我的opencv还没有安装好。

先把环境搞定叭。

如果你也在学习医学图像处理，欢迎留言讨论！一起学习

## 另一个在ubuntu下安装的方法 ##

先下载tar.gz文件，解压 tar -zxvf .....tar.gz

进入python虚拟环境 source activate tf-gpu

cd 解压后的文件，里面有个setup.py

python setup,py build

python setup.py install

安装结束

[https_blog.csdn.net_weixin_37485708_article_details_86416208]: https://blog.csdn.net/weixin_37485708/article/details/86416208
[http_www.bubuko.com_infodetail-2316068.html]: http://www.bubuko.com/infodetail-2316068.html
[https_blog.csdn.net_m0_37151059_article_details_79114735]: https://blog.csdn.net/m0_37151059/article/details/79114735
[20190706154557906.png]: /images/20220329/3fb7d1a58cec49dfbc5a9a5d7de0e220.png
[https_openslide.org_download]: https://openslide.org/download/
[watermark_type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk_shadow_10_text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L3dlaXhpbl8zNzQ4NTcwOA_size_16_color_FFFFFF_t_70]: /images/20220329/594c2b9bd3204f23af0052dbbd3cf424.png
[20190410105418995.png]: /images/20220329/1940fc684f1c41b3977d52817ba9cb27.png
[https_www.linuxidc.com_Linux_2017-09_147188.htm_utm_source_tuicool]: https://www.linuxidc.com/Linux/2017-09/147188.htm?utm_source=tuicool
[https_blog.csdn.net_caicai2526_article_details_71366326]: https://blog.csdn.net/caicai2526/article/details/71366326
[20190108185555853.png]: /images/20220329/de73360f6fdd41dfb05da968ecc0014c.png
[http_www.ijg.org]: http://www.ijg.org/
[https_blog.csdn.net_qq_21383435_article_details_79539034]: https://blog.csdn.net/qq_21383435/article/details/79539034
[http_download.osgeo.org_libtiff]: http://download.osgeo.org/libtiff/
[https_www.cnblogs.com_hujianhua_p_3261013.html]: https://www.cnblogs.com/hujianhua/p/3261013.html
[https_sourceforge.net_projects_libpng_files]: https://sourceforge.net/projects/libpng/files/
[https_blog.csdn.net_weixin_41787032_article_details_79817926]: https://blog.csdn.net/weixin_41787032/article/details/79817926
[https_blog.csdn.net_weixin_41787032_article_details_79845912]: https://blog.csdn.net/weixin_41787032/article/details/79845912