解决invalid record found in VCF4 file (at least 8 tab-delimited fields expected)问题，批量修改空格改为制表格格式...

╰半橙微兮° 2021-09-29 04:42 138阅读 0赞

出现这种问题说明一般存在两个问题：

第一，vcf文件不足8个分割制表符，比如像如下文件：  
![812148-20170720161239365-1852706519.jpg][]

为了解决这个问题，说明在做snp filter时候，需要提取至少8个制表符的字符串，比如，像如下文件所示：

![812148-20170720161601365-546585359.jpg][]

第二个问题：字符串之间是非制表符分隔的，比如下图：

![812148-20170731154302224-837071669.png][]

显然，上图字符串之间的间隔只有一个空格，因此需要将空格改为制表符格式，可以用以下脚本修改：

perl -alne '{print "$F[0]\t$F[1]\t$F[2]\t$F[3]\t$F[4]\t$F[5]\t$F[6]\t$F[7]\t$F[8]\t$F[9]"}' inputfile >outputfile

对于多个文件，可用以下循环命令：

for i in *.inputfile
    do
    echo $i
    perl -alne '{print "$F[0]\t$F[1]\t$F[2]\t$F[3]\t$F[4]\t$F[5]\t$F[6]\t$F[7]\t$F[8]\t$F[9]"}' $i >${i%%.*}.outputfile
    done

最后，转化的效果如下：

![812148-20170731154717193-703886934.png][]

从上图可以 看出，字符串之间的间隔拉大了，即已经变为制表格格式。

转载于:https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/7211832.html

[812148-20170720161239365-1852706519.jpg]: /images/20210726/898a6977d2f4429aa44aae4eb15839b7.png
[812148-20170720161601365-546585359.jpg]: /images/20210726/0d6e282e3f5741eb9f9f5d20e513e945.png
[812148-20170731154302224-837071669.png]: /images/20210726/97fc0942fe624708aa9bf016fd647d34.png
[812148-20170731154717193-703886934.png]: /images/20210726/6be44ba78103450d8b8a478a5ac8ecbc.png